OpenDataBio é uma plataforma-web de código aberto projetada para ajudar pesquisadores e organizações que estudam a biodiversidade em regiões tropicais a coletar, armazenar, relacionar e servir dados. Ele é projetado para acomodar muitos tipos de dados usados em ciências biológicas e suas relações, particularmente para estudos de ecologia e biodiversidade e serve como um repositório de dados que permite a usuários baixar ou solicitar dados de pesquisa bem organizados e documentados.
Porque?
Estudos de biodiversidade freqüentemente requerem a integração de uma grande quantidade de dados, exigindo padronização para uso e compartilhamento. Pesquisadores também precisam gerenciar e manter os seus dados de forma contínua e para além de depositá-los de forma estática em repositórios públicos ou data papers.
O OpenDataBio foi desenhado com base na necessidade de organizar e integrar dados históricos e atuais coletados na região amazônica, levando em consideração as práticas de campo e os tipos de dados utilizados por ecologistas e taxonomistas.
O OpenDataBio visa facilitar a padronização e normalização dos dados, utilizando diferentes serviços disponíveis online, dando flexibilidade aos usuários e grupos de usuários, e criando os links necessários entre Localidades, Táxons, Indivíduos, Vouchers e as Medições e os Arquivos de Mídia associados a eles, ao mesmo tempo em que oferece acessibilidade aos dados por meio de um serviço de API próprio, facilitando a distribuição e análise dos dados.
Características relevantes
- Variáveis personalizadas - flexibilidade para o usuário definir variáveis incluindo casos especiais como variáveis Espectrais, Cores, Links e GeneBank. Essas variáveis são compartilhadas entre usuários e exigem metadados. Medições para tais características podem ser registradas para Indivíduos, Vouchers, Taxons ou Localidades.
- Taxons podem ser nomes publicados ou não publicados (por exemplo, um morfotipo), sinônimos ou nomes válidos e qualquer nó da árvore da vida pode ser armazenado. A inserção de táxons é verificada em diferentes bases nomenclaturais (Tropicos, IPNI, MycoBank, ZOOBANK, GBIF), minimizando busca por erros ortográficos, autores e sinônimos.
- Localidades são armazenadas com suas geometrias espaciais, permitindo consultas espaciais. Localidades como Parcelas e Transectos podem ser definidas, facilitando a organização de dados de métodos usados em estudos de biodiversidade.
- Controle de acesso e versionamento - os dados são organizados em Conjuntos de dados com política de acesso (público, restrito, projeto) e licença. Versões estáticas com filtros e citações próprias podem ser publicadas e baixadas.
- Diferentes grupos de pesquisa podem usar uma única instalação OpenDataBio, tendo controle sobre edição e acesso de seus dados particulares, enquanto compartilham bibliotecas comuns como Taxonomia, Localidades, Referências bibliográficas e Variáveis.
- Interface moderna - formulários, listas e buscas foram migrados para Livewire 3 + Alpine; antigas bibliotecas como DataTables, laravel-multiselect e autocompletes legados foram removidas em favor de componentes reativos.
- API para acessar dados programaticamente - Ferramentas para exportação e importação de dados são fornecidas por meio de serviços de API junto com um cliente API em R, o pacote OpenDataBio-R.
- Auditoria - o modelo de atividade audita alterações em qualquer registro e downloads de conjuntos de dados completos.
- O modelo BioColeção permite que uma Coleção Biológica gerencie seus registros de Vouchers e solicitações realizados por usuários.
- Coleta móvel com o aplicativo Android OpenDataBio Collect, sincronizando formulários configuráveis e dados de campo online/offline.
Saiba mais
- Primeiros passos: instale o OpenDataBio