Inserir dados - POST

Como importar dados ao OpenDataBio usando a API

Importando dados

Dados estruturados personalizados no campo notes

No campo notes de qualquer modelo, você pode armazenar texto simples ou um texto formatado como um objeto JSON contendo dados estruturados. A opção Json permite que você armazene dados estruturados personalizados em qualquer modelo que tenha o campo notes. Esses dados não serão validados pelo OpenDataBio e a padronização de tags e valores depende de você.

Endpoints POST

bibreferences (POST)

Referências bibliográficas (GET lista, POST cria).

ParâmetroObrigatórioDescriçãoExemplo
bibtexNãoReferência em formato BibTeX. (Provide doi or bibtex.)@article{meuchave,...}
doiNãoNúmero ou URL de DOI. (Provide doi or bibtex.)10.1234/abcd.2020.1

biocollections (POST)

Biocoleções (GET lista, POST cria).

ParâmetroObrigatórioDescriçãoExemplo
acronymSimSigla da biocoleção.INPA
nameSimParametro generico de nome (taxon completo, local, export_name de trait, etc.).Ocotea guianensis

individuals (POST)

Indivíduos (GET lista, POST cria, PUT atualiza).

ParâmetroObrigatórioDescriçãoExemplo
altitudeNãoAltitude em metros.75
angleNãoAzimute em graus a partir do ponto de referência.45
biocollectionNãoId, nome ou sigla da biocoleção.INPA
biocollection_numberNãoNúmero/código do voucher na biocoleção.12345
biocollection_typeNãoCódigo ou nome do tipo nomenclatural.Holotype ou 2
collectorSimColetor(es) id, abreviação, nome ou email. Separe múltiplos com | ou ;, primeiro e o principal.Silva, J.B.|Costa, M.
datasetSimId ou sigla do dataset.3 ou FOREST1
dateSimData (AAAA-MM-DD) ou data incompleta (ex. 1888-05-NA) ou array com year/month/day. (At least the year must be provided.)2024-05-20 ou {\"year\":1888,\"month\":5}
distanceNãoDistância ao ponto de referência em metros.12.5
identification_based_on_biocollectionNãoNome/id da biocoleção usada como referência de identificacao.INPA
identification_based_on_biocollection_numberNãoO catalogNumber do voucher usado como referência.8765
identification_dateNãoData da identificacao (completa ou incompleta).2023-06-NA
identification_individualNãoId/organismID do indivíduo cuja identificacao sera reaproveitada.3245 ou REC-123
identification_notesNãoNotas da identificacao.Conferido em microscopia
identifierNãoPessoa(s) responsavel(is) pela identificacao; aceita id, abreviação, nome ou email; use | ou ;. Obrigatório quando taxon é informado. Use identifier=collector para usar o valor de collector informado no mesmo registro, ou identifier=keep em updates para preservar o identificador existente.A.Costa|B.Lima ou collector ou keep
latitudeNãoLatitude em graus decimais (negativo para sul). (Required when location is not provided.)-3.101
locationNãoId ou nome do local. (Required when latitude/longitude are not provided.)Parcela 25ha ou 55
location_date_timeNãoData ou data+hora do evento de localização/ocorrência. (Required when adding multiple locations or when different from individual date.)2023-08-14 12:30:00
location_notesNãoNotas da ocorrência/local.Perto do marco 10
longitudeNãoLongitude em graus decimais (negativo para oeste). (Required when location is not provided.)-60.12
modifierNãoCódigo/nome do modificador de identificacao (s.s.=1, s.l.=2, cf.=3, aff.=4, vel aff.=5).3
notesNãoNotas em texto ou JSON.{\"expedition\":\"2024-01\",\"tag\":\"P1\"}
tagSimTag/número/código do indivíduo.A-1234
taxonNãoId ou nome canônico do taxon (lista aceita).Licaria cannela,Licaria armeniaca ou 456,789
xNãoCoordenada cartesiana do indivívudo na parcela ou transecto, a partir da origem10
yNãoCoordenada cartesiana do indivívudo na parcela ou transecto. Quando transecto, valores positivos (lado direito), valores negativos (lado esquerdo), a partir da origem5.1

individual-locations (POST)

Ocorrências para indivíduos com múltiplas localizações (GET lista, POST/PUT grava).

ParâmetroObrigatórioDescriçãoExemplo
altitudeNãoAltitude em metros.75
angleNãoAzimute em graus a partir do ponto de referência.45
distanceNãoDistância ao ponto de referência em metros.12.5
individualSimId, uuid ou organismID do indivíduo.4521 ou 2ff0e884-3d33
latitudeNãoLatitude em graus decimais (negativo para sul). (Required when location is not provided.)-3.101
locationNãoId ou nome do local. (Required when latitude/longitude are not provided.)Parcela 25ha ou 55
location_date_timeSimData ou data+hora do evento de localização/ocorrência.2023-08-14 12:30:00
location_notesNãoNotas da ocorrência/local.Perto do marco 10
longitudeNãoLongitude em graus decimais (negativo para oeste). (Required when location is not provided.)-60.12
xNãoCoordenada cartesiana do indivívudo na parcela ou transecto, a partir da origem10
yNãoCoordenada cartesiana do indivívudo na parcela ou transecto. Quando transecto, valores positivos (lado direito), valores negativos (lado esquerdo), a partir da origem5.1

locations (POST)

Localidades (GET lista, POST cria, PUT atualiza).

ParâmetroObrigatórioDescriçãoExemplo
adm_levelSimCódigo do nível administrativo do local (ex. 100=parcela, 10=país).100
altitudeNãoAltitude em metros.75
azimuthNãoAzimute (graus) usado para montar geometria de plot/transecto quando o local e POINT.90
datumNãoDatum/projecao espacial.EPSG:4326-WGS 84
geojsonNãoFeature GeoJSON de entrada, com geometria e pelo menos name + adm_level nas properties. Ela é convertida para a geometria da localidade e não é armazenada em coluna locations.geojson. (Provide geojson, geom or lat+long.){\"type\":\"Feature\",\"properties\":{\"name\":\"Plot A\",\"adm_level\":100},\"geometry\":{...}}
geomNãoGeometria WKT (POINT, LINESTRING, POLYGON, MULTIPOLYGON). (Provide geojson, geom or lat+long.)POLYGON((-60 -3,-60.1 -3,-60.1 -3.1,-60 -3.1,-60 -3))
ismarineNãoFlag para aceitar locais marinhos fora de poligonos de país.1
latNãoLatitude em graus decimais (negativo para sul). (Provide geojson, geom or lat+long.)-3.101
longNãoLongitude em graus decimais (negativo para oeste). (Provide geojson, geom or lat+long.)-60.12
nameSimParametro generico de nome (taxon completo, local, export_name de trait, etc.).Ocotea guianensis
notesNãoNotas em texto ou JSON.{\"expedition\":\"2024-01\",\"tag\":\"P1\"}
parentNãoId ou nome do pai (taxon ou local).Lauraceae ou 210
startxNãoCoordenada X inicial de subparcela em relação ao plot pai.5.5
startyNãoCoordenada Y inicial de subparcela em relação ao plot pai.10.0
xNãoDimensão X para plots ou comprimento transecto100
yNãoDimensão Y para plots ou buffer para transectos (PELD)40

locations-validation (POST)

Valida coordenadas com locais registrados (POST).

ParâmetroObrigatórioDescriçãoExemplo
latitudeSimLatitude em graus decimais (negativo para sul).-3.101
longitudeSimLongitude em graus decimais (negativo para oeste).-60.12

measurements (POST)

Medições de traits (GET lista, POST cria via job de importação, PUT atualiza).

ParâmetroObrigatórioDescriçãoExemplo
bibreferenceNãoId ou bibkey da referência.34
datasetSimID/nome do dataset onde a medição será armazenada; se omitido, usa o dataset padrão do usuário autenticado se existir.3 ou FOREST1
dateSimData da medição; aceita YYYY-MM-DD, YYYY-MM, YYYY, ou campos em array ano-mês-dia (date_year/date_month/date_day).2024-05-10 ou 2024-05 ou {"year":2024,"month":5}
duplicatedNãoNúmero sequencial para permitir medidas duplicadas do mesmo trait/objeto/data.2 para o segundo registro, 3 para o terceiro e assim por diante
link_idNãoObrigatório para traços do tipo LINK: ID do objeto ligado (ex.: ID do Taxon). (Required when trait type is Link.)55
locationNãoId ou nome do local.Parcela 25ha ou 55
notesNãoOpcional. Texto livre ou notas em JSON armazenadas com a medição.{"method":"caliper"}
object_idSimObrigatório. ID numérico do objeto medido (Individual, Location, Taxon, Voucher, Media). Alias: measured_id.4521
object_typeSimObrigatório quando não fornecido no header. Nome da classe ou FQCN do objeto medido (Individual, Location, Taxon, Voucher, Media). Alias: measured_type.Individual
parent_measurementNãoQuando a variável depende de outra medição, informe o ID da medição pai para o mesmo objeto e data.3001
personSimId/abreviação/nome/email de pessoa (aceita lista com | ou ;).Silva, J.B.|Costa, M.
trait_idSimObrigatório. ID ou export_name da variável medida. Alias: também aceita chave “trait”.treeDbh ou 12
valueNãoValor(es) da medida; depende do tipo do trait: QUANT_INTEGER (0) = número inteiro; QUANT_REAL (1) = número decimal, ponto como separator; CATEGORICAL or ORDINAL (2/4) = uma única categoria, pode ser o id ou o nome; CATEGORICAL_MULTIPLE (3) = lista de ids ou nomes de categorias separadas por | ; ou ,; TEXT (5) = um texto livre; COLOR (6) = cor em formato hex #A1B2C3 or #ABC; LINK (7) = enviar o link_id do object (value pode ser vazio neste caso, ou um número); SPECTRAL (8) = valores de absorbânica/reflectância separados por ponto-e-vírgula (;) com mesmo número de valores especificados na definição da variável; GENEBANK (9) = código alfanumérico do accesso do registro no GenBank (ele é validado contra o NCBI). (Required unless trait type is Link.)QUANT_REAL: 23.4 | CATEGORICAL: 15 ou Morta | CATEGORICAL_MULTIPLE: 12;14 ou Simples;Composta | SPECTRAL: 0.12;0.11;0.10

media (POST)

Metadados de mídia (GET lista, POST cria, PUT atualiza).

ParâmetroObrigatórioDescriçãoExemplo
collectorNãoColetor(es) id, abreviação, nome ou email. Separe múltiplos com | ou ;, primeiro e o principal.Silva, J.B.|Costa, M.
datasetNãoId ou sigla do dataset.3 ou FOREST1
dateNãoData (AAAA-MM-DD) ou data incompleta (ex. 1888-05-NA) ou array com year/month/day.2024-05-20 ou {\"year\":1888,\"month\":5}
filenameSimNome exato do arquivo de mídia dentro do ZIP ao importar mídia.IMG_0001.jpg
latitudeNãoLatitude em graus decimais (negativo para sul).-3.101
licenseNãoLicenca publica para mídia (CC0, CC-BY, CC-BY-SA, etc.).CC-BY-SA
locationNãoId ou nome do local.Parcela 25ha ou 55
longitudeNãoLongitude em graus decimais (negativo para oeste).-60.12
notesNãoNotas em texto ou JSON.{\"expedition\":\"2024-01\",\"tag\":\"P1\"}
object_idSimID do objeto ao qual a mídia pertence (Indivíduo, Local, Táxon, Voucher).4521
object_typeSimO tipo de objeto ao qual a mídia pertence, um dos seguintes: Individual, Local, Táxon ou Voucher.Individual
projectNãoId ou sigla do projeto.PDBFF ou 2
tagsNãoIds ou nomes de tags para mídia ou filtros (use | ou ;).flower|leaf
title_enNãoTitulo da mídia em ingles.Leaf detail
title_ptNãoTitulo da mídia em portugues.Detalhe da folha

persons (POST)

Pessoas (GET lista, POST cria, PUT atualiza).

ParâmetroObrigatórioDescriçãoExemplo
abbreviationNãoAbreviação padrão de pessoa ou coleção.Silva, J.B.
biocollectionNãoId, nome ou sigla da biocoleção.INPA
emailNãoEndereco de email.user@example.org
full_nameSimNome completo da pessoa.Joao Silva
institutionNãoInstituicao associada a pessoa.INPA

taxons (POST)

Nomes taxonômicos (GET lista, POST cria).

ParâmetroObrigatórioDescriçãoExemplo
authorNãoString opcional de autoria para nomes publicados. Em nomes publicados costuma ser preenchida automaticamente pela API. Para nomes não publicados, mantenha author nulo e use author_id/person.Nees
author_idNãoAlternativa a person para nomes não publicados. Obrigatório para nomes não publicados quando person não for enviado. (Required for unpublished names (or use person).)25
bibkeyNãoId da referência bibliográfica ou bibkey, opcional, para resolver bibreference_id. Em nomes publicados, dados bibliográficos vindos da API também podem preencher o registro.ducke1953 ou 34
bibreferenceNãoId ou bibkey da referência.34
enforceValidNãoOverride booleano opcional para nomes publicados. Use quando você enviar valid=true e quiser sobrescrever um resultado da API que marca o nome como inválido e define um nome sênior.1 ou true
gbifNãoId opcional do GBIF. No POST ele é armazenado como informado; não há validação adicional por API para esse valor explícito.28792
indexfungorumNãoIdentificador Index Fungorum de um táxon.IF123456
ipniNãoId opcional do IPNI. No POST ele é armazenado como informado; não há validação adicional por API para esse valor explícito.123456-1
levelNãoOpcional para nomes publicados porque a API pode defini-lo. Obrigatório para nomes não publicados exceto quando o nome validado tem duas palavras, caso em que será importado como species. Aceita código numérico do rank ou nome do rank como species/subspecies/clade.210 ou species
mobotNãoId opcional do Tropicos/MOBOT. No POST ele é armazenado como informado; não há validação adicional por API para esse valor explícito.25509881
mycobankNãoId opcional do MycoBank. No POST ele é armazenado como informado; não há validação adicional por API para esse valor explícito.MB123456
nameSimNome do táxon, obrigatório. Para nomes publicados, o POST consulta APIs nomenclaturais externas e pode normalizar nome, parent, rank, valid, senior_id, author, bibreference e ids externos. Para nomes não publicados, informe author_id/person e parent; level é obrigatório exceto quando o nome validado tem duas palavras, caso em que será importado como species.Ocotea guianensis ou Inga sp. 1
parentNãoOpcional para nomes publicados, obrigatório para nomes não publicados. Aceita id do táxon pai ou nome científico. Para nomes publicados, se a API encontrar um pai diferente, o pai informado é mantido e um aviso é registrado no log. (Required for unpublished names.)Ocotea ou 120
parent_idNãoId do pai para consultas hierarquicas.210
parent_nameNãoNome alternativo do táxon pai usado em importações e atualizações de táxons.Ocotea
personNãoUse apenas para nomes não publicados. Aceita id, abreviação, nome completo ou email da pessoa e resolve para author_id. Quando presente, o registro é tratado como não publicado e a busca em API não é usada. (Required for unpublished names (or use author_id).)25 ou Pilco, M.V.
seniorNãoId ou nome do táxon sênior aceito usado ao importar um táxon inválido.Ocotea guianensis
senior_idNãoId opcional do nome aceito quando o táxon importado é inválido. O táxon sênior deve existir, ser válido e ser publicado.345
validNãoBooleano opcional. Quando omitido no POST, a validade é inferida a partir de senior/senior_id ou do resultado da API. Nomes inválidos são permitidos tanto para táxons publicados quanto não publicados. Se você enviar valid=true para um nome publicado e a API disser que o nome é inválido, a importação é rejeitada, a menos que enforceValid=true também seja enviado.1 ou 0
zoobankNãoId opcional do ZooBank. No POST ele é armazenado como informado; não há validação adicional por API para esse valor explícito.urn:lsid:zoobank.org:act:XXXXXXXX-XXXX-XXXX-XXXX-XXXXXXXXXXXX

traits (POST)

Definições de traits (GET lista, POST cria).

ParâmetroObrigatórioDescriçãoExemplo
bibreferenceNãoId ou bibkey da referência.34
categoriesNãoLista JSON de categorias de trait com lang/rank/name/description. (Required for categorical and ordinal traits.)[{\"lang\":\"en\",\"rank\":1,\"name\":\"small\"}]
descriptionSimDescrição em texto ou mapa de traducao.{\"en\":\"Leaf length\",\"pt-br\":\"Comprimento da folha\"}
export_nameSimNome de exportação unico do trait.DBH
link_typeNãoClasse alvo do trait tipo Link (ex. Taxon). (Required for Link traits.)Taxon
nameSimParametro generico de nome (taxon completo, local, export_name de trait, etc.).Ocotea guianensis
objectsSimObjetos alvo do trait (separados por virgula).Individual,Voucher
parentNãoID da característica pai ou nome de exportação; quando definido, as medições desta característica também devem incluir uma medição para a característica pai.woodDensity
range_maxNãoValor máximo permitido para traits quantitativos.999.9
range_minNãoValor mínimo permitido para traits quantitativos.0.01
tagsNãoIds ou nomes de tags para mídia ou filtros (use | ou ;).flower|leaf
typeSimParametro generico type (código do trait ou tipo de vernacular: use/generic/etimology).use ou 10
unitNão(Required for quantitative and spectral traits.)
value_lengthNãoNúmero de valores para trait espectral. (Required for spectral traits.)1024
wavenumber_maxNãoNúmero de onda máximo para traits espectrais. (Required for spectral traits.)25000
wavenumber_minNãoNúmero de onda mínimo para traits espectrais. (Required for spectral traits.)4000

vernaculars (POST)

Nomes vernáculos (GET lista, POST cria).

ParâmetroObrigatórioDescriçãoExemplo
citationsNãoLista de citacoes (texto + bibreference) para vernaculares.[{\"citation\":\"Silva 2020\",\"bibreference\":12}]
individualsNãoLista de ids/nomes de indivíduos para vincular vernacular.12|23|45
languageSimId/código/nome do idioma. Para POST vernaculars, idiomas cadastrados são aceitos; idiomas ausentes são criados a partir de config/languagesISO6393.php apenas quando o valor informado corresponder a código ISO639-3 ou nome configurado, com is_locale=0.en ou 1 ou english ou spa
nameSimParametro generico de nome (taxon completo, local, export_name de trait, etc.).Ocotea guianensis
notesNãoNotas em texto ou JSON.{\"expedition\":\"2024-01\",\"tag\":\"P1\"}
parentNãoId ou nome do pai (taxon ou local).Lauraceae ou 210
taxonsNãoLista de ids/nomes de taxon (para vernacular).Euterpe edulis|Ocotea guianensis
typeNãoParametro generico type (código do trait ou tipo de vernacular: use/generic/etimology).use ou 10

vouchers (POST)

Vouchers de coleção (GET lista, POST cria, PUT atualiza).

ParâmetroObrigatórioDescriçãoExemplo
biocollectionSimId, nome ou sigla da biocoleção.INPA
biocollection_numberNãoNúmero/código do voucher na biocoleção.12345
biocollection_typeNãoCódigo ou nome do tipo nomenclatural.Holotype ou 2
collectorNãoColetor(es) id, abreviação, nome ou email. Separe múltiplos com | ou ;, primeiro e o principal.Silva, J.B.|Costa, M.
datasetNãoId ou sigla do dataset.3 ou FOREST1
dateNãoData (AAAA-MM-DD) ou data incompleta (ex. 1888-05-NA) ou array com year/month/day.2024-05-20 ou {\"year\":1888,\"month\":5}
individualSimId, uuid ou organismID do indivíduo.4521 ou 2ff0e884-3d33
notesNãoNotas em texto ou JSON.{\"expedition\":\"2024-01\",\"tag\":\"P1\"}
numberNãoNúmero/código de coletor (voucher ou tag quando diferente).1234A

datasets (POST)

Datasets e versões publicadas de datasets (GET lista, POST cria via job de importação).

ParâmetroObrigatórioDescriçãoExemplo
descriptionNãoDescrição em texto ou mapa de traducao. (Required when privacy is 2 or 3.){\"en\":\"Leaf length\",\"pt-br\":\"Comprimento da folha\"}
licenseNãoLicenca publica para mídia (CC0, CC-BY, CC-BY-SA, etc.). (Required when privacy is 2 or 3.)CC-BY-SA
nameSimShort name or nickname for the dataset - make informative, shorter than title.Morphometrics-Aniba
privacySim(Accepted values: 0 (auth), 1 (project), 2 (registered), 3 (public).)
project_idNão(Required when privacy is 1 (project).)
share_taxon_listNãoOpção do dataset que controla se a lista de táxons pode ser compartilhada em contextos públicos de filogenia/lista taxonômica. (Optional boolean; defaults to true.)1 ou true
titleNão(Required when privacy is 2 or 3.)
visibilityNão(Optional for privacy 0 or 1; mandatory true when privacy is 2 or 3.)

identification-histories (POST)

Histórico de identificações (GET lista, POST cria linhas manuais de histórico).

ParâmetroObrigatórioDescriçãoExemplo
biocollection_idNãoLista de ids de biocoleção para filtrar vouchers.1,5
biocollection_referenceNão(Requires biocollection_id when provided.)
dateSimData (AAAA-MM-DD) ou data incompleta (ex. 1888-05-NA) ou array com year/month/day.2024-05-20 ou {\"year\":1888,\"month\":5}
identification_idNãoId do registro de identificação. Para POST identification-histories é opcional; quando informado, deve pertencer ao individual_id. Quando omitido, a API deriva a identificação a partir de individual_id. (Optional. When provided, it must belong to individual_id; otherwise it is derived from individual_id.)123
identifierNãoPessoa(s) responsavel(is) pela identificacao; aceita id, abreviação, nome ou email; use | ou ;. Obrigatório quando taxon é informado. Use identifier=collector para usar o valor de collector informado no mesmo registro, ou identifier=keep em updates para preservar o identificador existente. (Provide identifier, identifier_id, or identifiers.)A.Costa|B.Lima ou collector ou keep
identifier_idNãoId de pessoa ou lista delimitada de ids de pessoas responsáveis pela identificação. (Provide identifier, identifier_id, or identifiers.)4 ou 4|7
identifiersNãoReferência de pessoa ou lista delimitada de pessoas responsáveis pela identificação. Cada item pode ser id, abreviação, nome completo ou email. (Provide identifier, identifier_id, or identifiers.)4|7 ou A.Costa|B.Lima
individual_idSimIds de indivíduos para ocorrências.12,55,90
modifierNãoCódigo/nome do modificador de identificacao (s.s.=1, s.l.=2, cf.=3, aff.=4, vel aff.=5).3
notesNãoNotas em texto ou JSON.{\"expedition\":\"2024-01\",\"tag\":\"P1\"}
replaced_atNãoData/hora em que a identificação foi substituída.2026-06-11 10:30:00
sourceNãoRótulo de origem para registros gerados ou importados.api
taxon_idSim

Última modificação July 10, 2026: Updated docs to odb version 0.10.0-alpha2 (886b968)