Pesquisar e mapear dados

Quem pode usar

Visitantes podem consultar o conteúdo público. Usuários autenticados também podem ver registros liberados para seu nível de acesso e aqueles a que têm acesso por projetos, datasets ou biocoleções. Os mesmos filtros podem produzir resultados diferentes para usuários com permissões diferentes.

Escolher a ferramenta

• Use as listas de registros para pesquisar um tipo específico de objeto, conferir detalhes e navegar por suas relações.
• Use o Data Explorer para combinar filtros e descobrir registros de dados relacionados.
• Use o Map Explorer para examinar a distribuição espacial dos resultados e abrir os detalhes de localidades e indivíduos.
• Use a API GET ou o pacote OpenDataBio-R quando precisar de uma consulta reproduzível ou de resultados para análise.

Pesquisar registros

1. Comece com o menor conjunto de filtros que represente sua pergunta.
2. Confira se o filtro taxonômico deve corresponder apenas ao taxon informado ou também aos seus descendentes.
3. Quando usar uma localidade, confirme se a consulta inclui suas localidades descendentes.
4. Use projeto ou dataset quando a pergunta depender da origem ou da política dos dados.
5. Inspecione alguns registros antes de exportar o conjunto completo.

Resultados públicos publicados podem ser encontrados por meio das versões de datasets que os contêm. Um registro editável e uma versão publicada não são a mesma coisa: a versão representa um snapshot fixo.

Usar o mapa

O Map Explorer pode mostrar localidades, indivíduos, parcelas e transectos. Em grandes conjuntos, o mapa utiliza tiles vetoriais e geometrias simplificadas para responder rapidamente. Essa representação é adequada para navegação, mas não substitui a geometria oficial fornecida no registro ou na exportação.

Localidades podem representar ambientes terrestres ou marinhos. Algumas localidades de referência são mantidas pelo sistema; usuários comuns não devem editá-las sem a orientação dos administradores da instalação.

Exportar resultados

Exportações pequenas podem ser retornadas diretamente. Exportações grandes são preparadas em segundo plano como UserJobs. Depois de solicitar uma exportação:

1. abra a lista de UserJobs;
2. acompanhe o progresso e os logs;
3. examine avisos ou erros;
4. baixe o arquivo quando a tarefa terminar;
5. preserve o README e os metadados dos campos junto com os dados.

Uma exportação de consulta representa os resultados daquele momento. Para citar uma publicação fixa, prefira uma versão de dataset.

Perfis e formatos de exportação

As exportações comuns incluem campos locais do OpenDataBio e campos de intercâmbio, como Darwin Core. Consulte a tabela de campos do endpoint GET e preserve o README e os metadados produzidos com o arquivo.

Instalações que trabalham com coleções botânicas também podem oferecer um perfil BRAHMS/INPA. Ele reorganiza dados de Indivíduos ou Vouchers, Localidades, Taxons, coletores, identificações e medições em colunas destinadas a esse fluxo de intercâmbio. Escolha explicitamente se o registro-base é o Indivíduo ou o Voucher e confira os metadados da exportação; o perfil não transforma registros incompletos em dados curatoriais completos.

Continuar no R

O tutorial Obter dados com R demonstra autenticação, taxons, localidades, indivíduos, medições, mídias e vouchers. Use o Data Explorer para construir e conferir uma pergunta; depois traduza os mesmos filtros para R quando precisar reproduzir a análise.