Visão geral

OpenDataBio é uma plataforma web de código aberto para organizar, relacionar, consultar, analisar e publicar dados de biodiversidade. Uma instalação pode ser usada por diferentes grupos de pesquisa, que compartilham bibliotecas comuns — como taxonomia, localidades, pessoas, referências e variáveis — sem perder o controle sobre a edição e a visibilidade de seus dados.

O que você pode fazer

Consultar, filtrar e mapear dados

Você pode consultar registros públicos sem iniciar uma sessão. As listas de registros, o Data Explorer e o Map Explorer permitem combinar filtros como dataset, projeto, grupo taxonômico e localidade. Resultados acessíveis podem ser inspecionados, mapeados e exportados.

Veja Pesquisar e mapear dados.

Registrar e relacionar dados de biodiversidade

Usuários autorizados podem registrar dados pela interface web, importar planilhas, usar a API ou coletar dados com formulários e o OpenDataBio Collect. O sistema relaciona:

• localidades, parcelas e transectos;
• taxons publicados e não publicados;
• indivíduos, suas localizações e seu histórico de identificações;
• vouchers e coleções biológicas;
• variáveis, medições e formulários;
• pessoas, referências bibliográficas, nomes populares e mídias.

Para começar, consulte Primeira vez?.

Organizar acesso e colaboração

Projetos reúnem usuários e datasets. Datasets organizam os registros que serão gerenciados e distribuídos juntos. Papéis como administrador, colaborador e visualizador determinam o que cada pessoa pode fazer em um projeto, dataset ou biocoleção; o nível global do usuário não substitui essas permissões.

Veja Papéis e permissões.

Publicar versões citáveis

Um dataset pode continuar recebendo correções e novos registros. Quando uma versão precisa ser distribuída ou citada, seus responsáveis podem criar um snapshot com UUID próprio, autores, licença, política de uso, citações, metadados e arquivos persistentes. Assim, a versão publicada permanece fixa enquanto o dataset continua evoluindo.

Veja Organizar e publicar datasets.

Trabalhar com taxonomia e identificações

OpenDataBio consulta serviços nomenclaturais durante o cadastro de taxons, permite revisar sugestões de validação e preserva o histórico biológico de identificações dos indivíduos.

Veja os Objetos centrais. Existe também um fluxo experimental para importar filogenias candidatas à incorporação no backbone, sujeito à revisão administrativa.

Automatizar importações e exportações

A API permite consultar, inserir e atualizar dados. O pacote OpenDataBio-R facilita essas operações em R. Importações e exportações grandes são executadas como UserJobs, com progresso, logs e resultados por registro.

Veja a API, os Fluxos de trabalho com R e a documentação de UserJobs.

Para administradores da instalação

Superadministradores mantêm usuários, serviços externos, registros do sistema, filas, armazenamento, backups e atualizações. Essas responsabilidades são diferentes da administração científica de um projeto ou dataset.

Consulte Instalação e administração e sempre leia o UPGRADES_NOTES.md da versão de destino antes de atualizar o sistema.