Obter dados via R
Obter dados com o pacote OpenDataBio-R
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Os tutoriais transformam os conceitos e guias de uso em fluxos reproduzíveis no R. Eles não substituem a referência da API: a referência define campos e parâmetros, enquanto o tutorial mostra como combiná-los para concluir uma tarefa.
Para consultas públicas, normalmente basta a URL da API. Para acessar dados restritos ou modificar registros, você precisa de uma conta com as permissões corretas e de um token pessoal. Nunca publique esse token em scripts, repositórios ou relatórios.
Antes de importar dados, leia Primeira vez? e teste o fluxo com poucos registros. Use uma instalação de testes quando estiver aprendendo ou preparando operações destrutivas.
Leia também o Fluxo de importação de dados, que explica a ordem das dependências, a validação prévia de coordenadas e como reconciliar os resultados e IDs de cada UserJob com a tabela enviada.
O tutorial Obter dados via R ensina a configurar a conexão e consultar taxons, localidades, indivíduos, medições, mídias, vouchers e datasets. Ele complementa o guia Pesquisar e mapear dados.
Ao concluir, você deve conseguir:
O tutorial Importar dados via R apresenta a ordem de dependências e exemplos por tipo de registro. Comece pelo índice e avance apenas pelas seções necessárias ao seu conjunto de dados.
Ao concluir, você deve conseguir:
data.frames com os campos definidos pela API;Os exemplos existentes cobrem muitos modelos, mas foram escritos em momentos diferentes da evolução da API. A revisão deve seguir esta matriz:
| Prioridade | Melhoria | Critério de conclusão |
|---|---|---|
| Alta | Segurança do token e configuração por variáveis de ambiente | Nenhum exemplo contém token real ou recomenda salvá-lo no script. |
| Alta | Atualizar saídas, nomes de campos e links para a API atual | Todo código usa parâmetros presentes no schema e links válidos. |
| Alta | Explicar UserJobs e resultados estruturados | Cada importação mostra como conferir estado, avisos, erros e IDs afetados. |
| Alta | Criar dados de exemplo pequenos e reproduzíveis | Exemplos não dependem de IDs específicos de uma instalação pública. |
| Média | Relacionar Data Explorer, API e R | Pelo menos uma consulta é construída na interface e reproduzida em R. |
| Média | Cobrir datasets e versões publicadas | Exemplo diferencia exportação momentânea de download de versão citável. |
| Média | Atualizar localidades | Exemplo cobre GeoJSON, localidades marinhas, parcelas, transectos e posições relativas. |
| Média | Atualizar identificações | Exemplo distingue identificação atual, histórico de identificações e auditoria. |
| Média | Acrescentar validação pós-importação | Cada capítulo termina consultando e comparando registros criados. |
| Futura | Filogenias | Criar um fluxo separado quando houver suporte estável no cliente R. |
Enquanto essa revisão não estiver completa, confirme sempre os campos na referência da API e execute os exemplos em lotes pequenos.
Um tutorial deve declarar pré-requisitos, permissões necessárias, dados de entrada, resultado esperado e como desfazer ou corrigir uma execução de teste. Consulte Como contribuir antes de enviar um novo exemplo.
Obter dados com o pacote OpenDataBio-R
Importar dados com o pacote OpenDataBio-R