Obter dados via R

library(opendatabio)
base_url="https://opendb.inpa.gov.br/api"
token ="O SEU TOKEN AQUI"
cfg = odb_config(base_url=base_url, token = token)

odb_test(cfg)
#will output
Host: https://opendb.inpa.gov.br/api/v0
Versions: server 0.9.1-alpha1 api v0
$message
[1] "Success!"

$user
[1] "admin@example.org"

export ODB_TOKEN="YourToken"
export ODB_BASE_URL="https://opendb.inpa.gov.br/api"
export ODB_API_VERSION="v0"

base_url="https://opendb.inpa.gov.br/api"
cfg = odb_config(base_url=base_url)
#get id for a taxon
mag.id = odb_get_taxons(params=list(name='Magnoliidae',fields='id,name'),odb_cfg = cfg)
#use this id to get all descendants of this taxon
odb_taxons = odb_get_taxons(params=list(root=mag.id$id,fields='id,scientificName,taxonRank,parent_id,parentName'),odb_cfg = cfg)
head(odb_taxons)

base_url="https://opendb.inpa.gov.br/api"
cfg = odb_config(base_url=base_url)
odblocais = odb_get_locations(params = list(fields='id,name,parent_id,parentName',adm_level=99),odb_cfg = cfg)
head(odblocais)

library(rgeos)  #obsoleto, atualizar pacote sf e st.
library(opendatabio)
base_url="https://opendb.inpa.gov.br/api"
cfg = odb_config(base_url=base_url)

locais = odb_get_locations(params=list(adm_level=100),odb_cfg = cfg)
locais[,c('id','locationName','parentName')]
colnames(locais)
for(i in 1:nrow(locais)) {
  geom = readWKT(locais$footprintWKT[i])
  if (i==1) {
    plot(geom,main=locais$locationName[i],cex.main=0.8)
    axis(side=1,cex.axis=0.5)
    axis(side=2,cex.axis=0.5,las=2)
  } else {
    plot(geom,main=locais$locationName[i],add=T,col='red')
  }
}

#sua conexao
library(opendatabio)
base_url="http://localhost/opendatabio/api"
token ="o seu token aqui"
cfg = odb_config(base_url=base_url, token = token)
odb_test(cfg)

#dados fake
dados = data.frame(
  latitude = sample(seq(-2,2,by=0.00001),10),
  longitude = sample(seq(-60,-59,by=0.00001),10)
)

#envia para validar
jb = odb_validate_locations(dados,odb_cfg = cfg)

#monitora execução
odb_get_jobs(params=list(id=jb$id),odb_cfg = cfg)

#pega resultado
dadosValidados = odb_get_jobs(params=list(id=jb$id,get_file=T),odb_cfg = cfg)

library(opendatabio)
base_url="https://opendb.inpa.gov.br/api"
token ="O SEU TOKEN AQUI"

#estabelece a configuração da conexao
cfg = odb_config(base_url=base_url, token = token)

#BAIXA DIRETAMENTE - se forem poucos dados que voce quer baixar
inds = odb_get_individuals(params=list(limit=100),odb_cfg=cfg)

#PREPARA ARQUIVO NO SERVIDOR - se tua busca implicar em muito registros
    #baixando todos os registros aos quais voce tem acesso ou publicos
    #salvando o processo, pois neste caso devem ser muitos
    jobid = odb_get_individuals(params=list(save_job=T),odb_cfg=cfg)
    #verificando o status do processo
    odb_get_jobs(params=list(id=jobid$job_id),odb_cfg=cfg)
    #qual terminr, pega os dados aqui (ou baixe o arquivo gerado pela interface web)
    todos.inds = odb_get_jobs(params=list(id=jobid$job_id),odb_cfg=cfg)

#BUSCANDO DADOS ESPECIFICOS
    
    #todos os individuos identificados como o taxon X
    params = list(taxon = "Licaria cannela tenuicarpa")
    licarias = odb_get_individuals(params=params,odb_cfg=cfg)

    #todos os individuos identificados como o taxon X ou seus descendentes
    params = list(taxon_root = "Licaria")
    licarias = odb_get_individuals(params=params,odb_cfg=cfg)

    #todos individuos do conjunto de dados X
    params = list(dataset = "MyDataset name or id")
    inds = odb_get_individuals(params=params,odb_cfg=cfg)
    #ou use o save_job acima se forem muitos dados

    #pode ver a lista dos conjuntos de dados existentes
    datasets = odb_get_datasets(odb_cfg = cfg)

library(opendatabio)
base_url="https://opendb.inpa.gov.br/api"
token ="O SEU TOKEN AQUI"

#estabelece a configuração da conexao
cfg = odb_config(base_url=base_url, token = token)

#100 primeiros vouchers com registro numa biocoleção
vouchers = odb_get_vouchers(params=list(biocollection="INPA",limit=100),odb_cfg=cfg)

#vouchers na localidade x (id, ou nome, como registrado na base)
vouchers = odb_get_vouchers(params=list(location="Reserva Florestal Adolpho Ducke, Parcela PDBFF-100ha",limit=100),odb_cfg=cfg)

library(opendatabio)
base_url="https://opendb.inpa.gov.br/api" 
token ="O SEU TOKEN AQUI"

#estabelece a configuração da conexao
cfg = odb_config(base_url=base_url, token = token)

#100 primeiras medições do conjunto de dados X com id=10
medicoes = odb_get_measurements(params=list(dataset=10,limit=100),odb_cfg=cfg)

#100 primeiras medições do conjunto de dados X com id=10 para a variavel cujo export_name é treeDbh
medicoes = odb_get_measurements(params=list(trait="treeDbh",dataset=10,limit=100),odb_cfg=cfg)

#Medições do conjunto de dados X com id=10 para a variavel cujo export_name é treeDbh
#apenas para Lauraceae
medicoes = odb_get_measurements(params=list(trait="treeDbh",dataset=10,taxon_root="Lauraceae"),odb_cfg=cfg)

#ligando dados de individuos medicoes
louros = odb_get_individuals(params=list(dataset=10,taxon_root="Lauraceae"),odb_cfg=cfg)
filtro = grep("Individu",medicoes$measured_type) #opcional, depende do que esta em medicoes
g = match(medicoes$measured_id[filtro],louros$id)
medicoes$location = NA
medicoes$location[filtro] = louros$locationName[g]

library(opendatabio)
base_url="https://opendb.inpa.gov.br/api" 
token ="O SEU TOKEN AQUI"

#estabelece a configuração da conexao
cfg = odb_config(base_url=base_url, token = token)

#os 50 primeiros arquivos de mídia de um conjunto de dados que tem imagens 
imgs = odb_get_media(params=list(dataset=97,limit=50),odb_cfg=cfg)

#veja esses metadados
head(imgs)

#a partir desses metadados, baixa os arquivos de media
#cria uma função para isso:
getImagesByURL <- function(url,downloadFolder='img') {
  dir.create(downloadFolder,showWarnings = F)
  fn = strsplit(url,"\\/")[[1]]
  fn = fn[length(fn)]
  nname = paste(downloadFolder,fn,sep="/")
  img = httr::GET(url=url)    
  writeBin(httr::content(img, "raw"), nname)
}
#usa a função para baixar as imagens numa pasta
sapply(imgs$file_url,getImagesByURL,downloadFolder='testeImgsFromOdb')