Obter dados via R

Configure a conexão

1. Configure a conexão com o servidor OpenDataBio usando a função odb_config() do pacote. Os parâmetros mais importantes para esta função são base_url, que deve apontar para a URL da API do seu servidor OpenDataBio e token, que é o token de acesso usado para autenticar seu usuário.
2. O token só é necessário para obter dados de conjuntos de dados que possuem uma das políticas de acesso restrito. Os dados dos conjuntos de dados de acesso público podem ser extraídos sem a especificação do token.
3. Seu token está disponível em seu perfil na interface web

library(opendatabio)
base_url="https://opendb.inpa.gov.br/api"
token ="GZ1iXcmRvIFQ"
cfg = odb_config(base_url=base_url, token = token)

A configuração mais avançada envolve a definição de uma versão de API específica, um agente de usuário personalizado ou outros cabeçalhos HTTP, mas isso não é coberto aqui.

Teste sua conexão

A função odb_test() pode ser usada para verificar se a conexão foi bem sucedida e se seu usuário foi identificado corretamente:

odb_test(cfg)
#will output
Host: https://opendb.inpa.gov.br/api/v0
Versions: server 0.9.1-alpha1 api v0
$message
[1] "Success!"

$user
[1] "admin@example.org"

Como alternativa, você pode especificar esses parâmetros como variáveis ​​de sistema. Antes de iniciar o R, configure isso em seu shell (ou adicione ao final de seu arquivo .bashrc):

export ODB_TOKEN="YourToken"
export ODB_BASE_URL="https://opendb.inpa.gov.br/api"
export ODB_API_VERSION="v0"

Obter dados

Verifique a [Referência rápida da API GET]/docs/api/quick-reference) para obter uma lista completa de endpoints e parâmetros de solicitação.

Para dados de acesso público o token é opcional. Abaixo dois exemplos para Localidades e Taxons que são de acesso aberto. Siga um raciocínio semelhante para usar os demais endpoints. Veja a ajuda do pacote em R para todas as funções odb_get_{endpoint} disponíveis.

Obtendo nomes de táxons

Consulte GET API Taxon Endpoint para uma lista dos parâmetros de solicitação e uma lista de campos de resposta.

base_url="https://opendb.inpa.gov.br/api"
cfg = odb_config(base_url=base_url)
#get id for a taxon
mag.id = odb_get_taxons(params=list(name='Magnoliidae',fields='id,name'),odb_cfg = cfg)
#use this id to get all descendants of this taxon
odb_taxons = odb_get_taxons(params=list(root=mag.id$id,fields='id,scientificName,taxonRank,parent_id,parentName'),odb_cfg = cfg)
head(odb_taxons)

Algo como, dependo da sua base:

  id scientificName taxonRank parent_id  parentName
1 25    Magnoliidae     Clado        20 Angiosperms
2 43     Canellales     Ordem        25 Magnoliidae
3 62       Laurales     Ordem        25 Magnoliidae
4 65    Magnoliales     Ordem        25 Magnoliidae
5 74      Piperales     Ordem        25 Magnoliidae
6 93  Chloranthales     Ordem        25 Magnoliidae

Obtendo locais

Consulte GET API Location Endpoint para os parâmetros de solicitação e uma lista de campos de resposta.

Obtenha alguns campos listando todas as Unidades de Conservação (adm_level=99) registradas no servidor:

base_url="https://opendb.inpa.gov.br/api"
cfg = odb_config(base_url=base_url)
odblocais = odb_get_locations(params = list(fields='id,name,parent_id,parentName',adm_level=99),odb_cfg = cfg)
head(odblocais)

Se o servidor usar os dados de seed fornecidos o resultado será:

id                                                           name
1 5628                              Estação Ecológica Mico-Leão-Preto
2 5698          Área de Relevante Interesse Ecológico Ilha do Ameixal
3 5700 Área de Relevante Interesse Ecológico da Mata de Santa Genebra
4 5703     Área de Relevante Interesse Ecológico Buriti de Vassununga
5 5707                                Reserva Extrativista do Mandira
6 5728                                   Floresta Nacional de Ipanema
parent_id parentName
1         6  São Paulo
2         6  São Paulo
3         6  São Paulo
4         6  São Paulo
5         6  São Paulo
6         6  São Paulo

Pegar as parcelas importadas no tutorial de localidades. Para obter um objeto espacial no R, use a função readWKT do pacote rgeos.

library(rgeos)
library(opendatabio)
base_url="https://opendb.inpa.gov.br/api"
cfg = odb_config(base_url=base_url)

locais = odb_get_locations(params=list(adm_level=100),odb_cfg = cfg)
locais[,c('id','locationName','parentName')]
colnames(locais)
for(i in 1:nrow(locais)) {
  geom = readWKT(locais$footprintWKT[i])
  if (i==1) {
    plot(geom,main=locais$locationName[i],cex.main=0.8)
    axis(side=1,cex.axis=0.5)
    axis(side=2,cex.axis=0.5,las=2)
  } else {
    plot(geom,main=locais$locationName[i],add=T,col='red')
  }
}

Figura gerada: