Importar dados via R

Configure a conexão

1. Configure a conexão com o servidor OpenDataBio usando a função odb_config() do pacote. Os parâmetros mais importantes para esta função são base_url, que deve apontar para a URL da API do seu servidor OpenDataBio e token, que é o token de acesso usado para autenticar seu usuário.
2. O token só é necessário para obter dados de conjuntos de dados que possuem uma das políticas de acesso restrito. Os dados dos conjuntos de dados de acesso público podem ser extraídos sem a especificação do token.
3. Seu token está disponível em seu perfil na interface web

library(opendatabio)
base_url="https://opendb.inpa.gov.br/api"
token ="GZ1iXcmRvIFQ"
#create a config object
cfg = odb_config(base_url=base_url, token = token)
#test connection
odb_test(cfg)

Importar Dados (POST API)

Verifique a [Referência rápida da API]/docs/api/quick-reference) para obter uma lista completa dos POST endpoints e os campos necessários para importação de dados.

Funções de importação OpenDataBio-R

Todas as funções de importação têm a mesma assinatura: o primeiro argumento é um data.frame com os dados a serem importados, e o segundo parâmetro é um objeto de configuração gerado por odb_config.

Ao escrever uma solicitação de importação, verifique os documentos da API POST para entender quais colunas podem ser declaradas no data.frame.

Todas as funções de importação retornam um id do job, que pode ser usado para verificar se o job ainda está em execução, se terminou com sucesso ou se encontrou um erro. O log da execução pode ser acessado usando as funções odb_get_jobs() e odb_get_affected_ids(). Você também pode ver o log em sua lista de trabalhos do usuário na interface da web.

Trabalhando com datas e datas incompletas

Para Indivíduos, Vouchers e identificações, você pode usar datas incompletas.

O formato de data usado no OpenDataBio é AAA-MM-DD (ano - mês - dia), portanto, uma entrada válida seria 2018-05-28.

Particularmente em dados históricos, o dia (ou mês) exato pode não ser conhecido, então você pode substituir esses campos por NA: ‘1979-05-NA’ significa “um dia desconhecido, em maio de 1979” e ‘1979-NA- NA ‘significa “dia e mês desconhecidos, 1979”. Você não pode adicionar uma data para a qual tenha apenas o dia, mas pode, se tiver apenas o mês, se for realmente significativo de alguma forma.