Importar dados via R

Este tutorial continua o fluxo Inserir e importar dados. Faça os primeiros testes com poucos registros e confirme que sua conta tem permissão no projeto e dataset de destino.

Configure a conexão

1. Configure a conexão com o servidor OpenDataBio usando a função odb_config() do pacote. Os parâmetros mais importantes para esta função são base_url, que deve apontar para a URL da API do seu servidor OpenDataBio e token, que é o token de acesso usado para autenticar seu usuário.
2. O token só é necessário para obter dados de conjuntos de dados que possuem uma das políticas de acesso restrito. Os dados dos conjuntos de dados de acesso público podem ser extraídos sem a especificação do token.
3. Seu token está disponível em seu perfil na interface web

library(opendatabio)
base_url="https://opendb.inpa.gov.br/api"
token = Sys.getenv("ODB_TOKEN")
#create a config object
cfg = odb_config(base_url=base_url, token = token)
#test connection
odb_test(cfg)

Importar Dados (POST API)

Verifique a Referência rápida da API para obter uma lista completa dos endpoints POST e dos campos necessários para importar dados.

Funções de importação OpenDataBio-R

Todas as funções de importação têm a mesma assinatura: o primeiro argumento é um data.frame com os dados a serem importados, e o segundo parâmetro é um objeto de configuração gerado por odb_config.

Ao escrever uma solicitação de importação, verifique os documentos da API POST para entender quais colunas podem ser declaradas no data.frame.

As funções de importação retornam o identificador de um UserJob. Use-o para acompanhar a execução e consulte também a página da tarefa na interface. Uma tarefa concluída não significa que todas as linhas foram importadas: examine os resultados estruturados, avisos, erros e identificadores afetados. As funções disponíveis no cliente R dependem de sua versão; confira a ajuda instalada e a API atual.

Trabalhando com datas e datas incompletas

Para Indivíduos, Vouchers e identificações, você pode usar datas incompletas.

O formato de data usado no OpenDataBio é AAA-MM-DD (ano - mês - dia), portanto, uma entrada válida seria 2018-05-28.

Particularmente em dados históricos, o dia (ou mês) exato pode não ser conhecido, então você pode substituir esses campos por NA: ‘1979-05-NA’ significa “um dia desconhecido, em maio de 1979” e ‘1979-NA- NA ‘significa “dia e mês desconhecidos, 1979”. Você não pode adicionar uma data para a qual tenha apenas o dia, mas pode, se tiver apenas o mês, se for realmente significativo de alguma forma.