Importar Medições
Importar Medições com o pacote OpenDataBio R
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Atenção
- A medição tem uma restrição: valores ou categorias de medição duplicados para o mesmo object_id e mesma data não serão importados, a menos que você especifique
duplicated = 1para o registro. - Para importar medições você precisa coletar algumas informações de outros modelos. Você precisa fornecer um
datasetpara o qual você tem permissões,trait_id(export_name ou id),value(o conteúdo varia dependendo do tipo de variável),date(uma data completa ou incompleta),person(pessoa que mediu),object_type(uma de taxon, individual, voucher ou location) eobject_id(o id do object_type). Para o tipo de variável LINK você deve fornecer uma colunalink_id, e ‘value’ torna-se opcional para este caso específico. - DICA: Para relacionar medições de diferentes variáveis, você pode adicionar palavaras chave campo de medição
notes. Por exemplo, você mede LeafLength e LeafWidth para as mesmas folhas, portanto, em ambas as medições, adicione “leaf1”, “leaf2” ao campo de nota para vinculá-los. Além disso, se você medir o DAP e o DAP.POM em um inventário de parcela florestal e se tiver vários troncos para uma planta, você pode adicionar “caule1”, “caule2” para permitir a correspondência de um DAP do caule com sua altura específica de medição. Esse tipo de link pode ser útil em análises. - Várias validações acontecerão durante a importação da medição. Considere verificar os dados localmente antes de enviar um trabalho (job) para facilitar a solução de problemas e garantir que os valores sejam consistentes com suas expectativas. Você não poderá ATUALIZAR nem EXCLUIR medidas com a API, portanto, evite importar medições que precisarão ser corrigidas posteriormente (uma por uma).
- Para características quantitativas, OpenDataBio não pode validar se suas medições estão na mesma unidade que a definição de variável. Portanto, verifique qual unidade a variável possui e converta seus dados de acordo antes de enviar.
As medições podem ser importadas usando odb_import_measurements(). Leia atentamente o Measurements POST API.
Variáveis Quantitativas
library(opendatabio)
base_url="https://opendb.inpa.gov.br/api"
token ="GZ1iXcmRvIFQ" #this must be your token not this value
cfg = odb_config(base_url=base_url, token = token)
#obter o id do trait do servidor (verifique se o trait existe)
#gerar alguns dados falsos para 10 medições
dbhs = sample(seq(10,100,by=0.1),10)
object_ids = sample(1:3,length(dbhs),replace=T)
dates = sample(as.Date("2000-01-01"):as.Date("2000-03-31"),length(dbhs))
dates = lapply(dates,as.Date,origin="1970-01-01")
dates = lapply(dates,as.character)
dates = unlist(dates)
to.odb = data.frame(
trait_id = 'dbh',
value = dbhs,
date = dates,
object_type = 'Individual',
object_id=object_ids,
person="Oliveira, A.A. de",
dataset = 1,
notes = "some fake measurements",
stringsAsFactors=F)
#isso só funcionará se a pessoa existir, os ids individuais existirem
#e se a característica com export_name = dbh existe
odb_import_measurements(to.odb,odb_cfg=cfg)
Baixar os dados importados:
dad = odb_get_measurements(params = list(dataset=1),odb_cfg=cfg)
dad[,c("id","basisOfRecord", "measured_type", "measured_id", "measurementType",
"measurementValue", "measurementUnit", "measurementDeterminedDate",
"datasetName", "license")]
id basisOfRecord measured_type measured_id measurementType measurementValue measurementUnit measurementDeterminedDate
1 1 MeasurementsOrFact App\\Models\\Individual 3 dbh 86.8 centimeters 2000-02-19
2 2 MeasurementsOrFact App\\Models\\Individual 2 dbh 84.8 centimeters 2000-03-25
3 3 MeasurementsOrFact App\\Models\\Individual 2 dbh 65.7 centimeters 2000-03-15
4 4 MeasurementsOrFact App\\Models\\Individual 3 dbh 88.0 centimeters 2000-03-05
5 5 MeasurementsOrFact App\\Models\\Individual 3 dbh 35.3 centimeters 2000-01-04
6 6 MeasurementsOrFact App\\Models\\Individual 2 dbh 36.0 centimeters 2000-03-23
7 7 MeasurementsOrFact App\\Models\\Individual 2 dbh 78.6 centimeters 2000-03-22
8 8 MeasurementsOrFact App\\Models\\Individual 2 dbh 69.7 centimeters 2000-03-09
9 9 MeasurementsOrFact App\\Models\\Individual 3 dbh 12.3 centimeters 2000-01-30
10 10 MeasurementsOrFact App\\Models\\Individual 3 dbh 14.7 centimeters 2000-01-18
datasetName license
1 Dataset test CC-BY 4.0
2 Dataset test CC-BY 4.0
3 Dataset test CC-BY 4.0
4 Dataset test CC-BY 4.0
5 Dataset test CC-BY 4.0
6 Dataset test CC-BY 4.0
7 Dataset test CC-BY 4.0
8 Dataset test CC-BY 4.0
9 Dataset test CC-BY 4.0
10 Dataset test CC-BY 4.0
Medidas categóricas
As categorias DEVEM ser informadas por seus ids ou nome no campo value. Para características CATEGORICAL ou ORDINAL, value deve ser um valor único. Para CATEGORICAL_MULTIPLE, value pode ser um ou vários ids de categorias ou nomes separados por um de | ou ; ou,.
library(opendatabio)
base_url="https://opendb.inpa.gov.br/api"
token ="GZ1iXcmRvIFQ" #this must be your token not this value
cfg = odb_config(base_url=base_url, token = token)
#a categorical trait
(odbtraits = odb_get_traits(params=list(name="specimenFertility"),odb_cfg = cfg))
#base line
to.odb = data.frame(trait_id = odbtraits$id, date = '2021-07-31', stringsAsFactors=F)
#the plant was collected with both flowers and fruits, so the value are the two categories
value = c("Flowers","Fruits")
#get categories for this trait if found
(cats = odbtraits$categories[[1]])
#check that your categories are registered for the trait and get their ids
value = cats[match(value,cats$name),'id']
#make multiple categories ids a string value
value = paste(value,collapse=",")
to.odb$value = value
#this links to a voucher
to.odb$object_type = "Voucher"
#get voucher id from API (must be ID).
#Search for collection number 1234
odbspecs = odb_get_vouchers(params=list(number="3456-A"),odb_cfg=cfg)
to.odb$object_id = odbspecs$id[1]
#get dataset id
odbdatasets = odb_get_datasets(params=list(name='Dataset test'),odb_cfg=cfg)
head(odbdatasets)
to.odb$dataset = odbdatasets$id
#person that measured
odbperson = odb_get_persons(params=list(search='ana cristina sega'),odb_cfg=cfg)
to.odb$person = odbperson$id
#import'
odb_import_measurements(to.odb,odb_cfg=cfg)
#get imported
dad = odb_get_measurements(params = list(voucher=odbspecs$id[1]),odb_cfg=cfg)
dad[,c("id","basisOfRecord", "measured_type", "measured_id", "measurementType",
"measurementValue", "measurementUnit", "measurementDeterminedDate",
"datasetName", "license")]
id basisOfRecord measured_type measured_id measurementType measurementValue measurementUnit
1 11 MeasurementsOrFact App\\Models\\Voucher 1 specimenFertility Flowers, Fruits NA
measurementDeterminedDate datasetName license
1 2021-07-31 Dataset test CC-BY 4.0
Cores
Para valores de cor, você deve inserir cor como seus códigos de strings RGB hexadecimal, para que possam ser renderizados graficamente e na interface da web. Portanto, qualquer valor de cor é permitido e seria mais fácil usar as cores da paleta na interface da web para inserir tais medidas. O pacote gplots permite que você converta nomes de cores em códigos RGB hexadecimais se você quiser fazer isso por meio da API.
library(opendatabio)
base_url="https://opendb.inpa.gov.br/api"
token ="GZ1iXcmRvIFQ" #this must be your token not this value
cfg = odb_config(base_url=base_url, token = token)
#get the trait id from the server (check that trait exists)
odbtraits = odb_get_traits(odb_cfg=cfg)
(m = match(c("fruitColor"),odbtraits$export_name))
#base line
to.odb = data.frame(trait_id = odbtraits$id[m], date = '2014-01-13', stringsAsFactors=F)
#get color value
#install.packages("gplots",dependencies = T)
library(gplots)
(value = col2hex("red"))
to.odb$value = value
#this links to a specimen
to.odb$object_type = "Individual"
#get voucher id from API (must be ID). Search for collection number 1234
odbind = odb_get_individuals(params=list(tag='3456'),odb_cfg=cfg)
odbind$scientificName
to.odb$object_id = odbind$id[1]
#get dataset id
odbdatasets = odb_get_datasets(params=list(name='Dataset test'),odb_cfg=cfg)
head(odbdatasets)
to.odb$dataset = odbdatasets$id
#person that measured
odbperson = odb_get_persons(params=list(search='ana cristina sega'),odb_cfg=cfg)
to.odb$person = odbperson$id
odb_import_measurements(to.odb,odb_cfg=cfg)
Medições de tipo de LINK de banco de dados
O tipo de variável LINK permite registrar dados de contagem, como por exemplo o número de indivíduos de uma espécie em um determinado local. Você deve fornecer o objeto vinculado (link_id), que pode ser um Táxon ou um Voucher, dependendo da definição da variável, e então o value recebe a contagem numérica.
library(opendatabio)
base_url="https://opendb.inpa.gov.br/api"
token ="GZ1iXcmRvIFQ" #this must be your token not this value
cfg = odb_config(base_url=base_url, token = token)
#get the trait id from the server (check that trait exists)
odbtraits = odb_get_traits(odb_cfg=cfg)
(m = match(c("taxonCount"),odbtraits$export_name))
#base line
to.odb = data.frame(trait_id = odbtraits$id[m], date = '2014-01-13', stringsAsFactors=F)
#the taxon to link the count value
odbtax = odb_get_taxons(params=list(name='Ocotea guianensis'),odb_cfg=cfg)
to.odb$link_id = odbtax$id
#now add the count value for this trait type
#this is optional for this measurement,
#however, it would make no sense to include such link without a count in this example
to.odb$value = 23
#a note to clarify the measurement (optional)
to.odb$notes = 'No voucher, field identification'
#this measurement will link to a location
to.odb$object_type = "Location"
#get location id from API (must be ID).
#lets add this to a transect
odblocs = odb_get_locations(params=list(adm_level=101,limit=1),odb_cfg=cfg)
to.odb$object_id = odblocs$id
#get dataset id
odbdatasets = odb_get_datasets(params=list(name='Dataset test'),odb_cfg=cfg)
head(odbdatasets)
to.odb$dataset = odbdatasets$id
#person that measured
odbperson = odb_get_persons(params=list(search='ana cristina sega'),odb_cfg=cfg)
to.odb$person = odbperson$id
odb_import_measurements(to.odb,odb_cfg=cfg)
Medições espectrais
value deve ser uma string de valores do espectro separados por “;”. O número de valores concatenados deve corresponder ao atributo value_length da variável, que é extraído da especificação do intervalo de número de onda para a variável. Portanto, você pode verificar isso facilmente antes de importar com odb_get_traits(params=list (fields = 'all', type = 9),cfg)
library(opendatabio)
base_url="https://opendb.inpa.gov.br/api"
token ="GZ1iXcmRvIFQ" #this must be your token not this value
cfg = odb_config(base_url=base_url, token = token)
#read a spectrum
spectrum = read.table("1_Sample_Planta-216736_TAG-924-1103-1_folha-1_abaxial_1.csv",sep=",")
#second column are NIR leaf absorbance values
#the spectrum has 1557 values
nrow(spectrum)
#[1] 1557
#collapse to single string
value = paste(spectrum[,2],collapse = ";")
substr(value,1,100)
#[1] "0.6768057;0.6763237;0.6755353;0.6746023;0.6733549;0.6718447;0.6701176;0.6682984;0.6662288;0.6636459;"
#get the trait id from the server (check that trait exists)
odbtraits = odb_get_traits(odb_cfg=cfg)
(m = match(c("driedLeafNirAbsorbance"),odbtraits$export_name))
#see the trait
odbtraits[m,c("export_name", "unit", "range_min", "range_max", "value_length")]
#export_name unit range_min range_max value_length
#6 driedLeafNirAbsorbance absorbance 3999.64 10001.03 1557
#must be true
odbtraits$value_length[m]==nrow(spectrum)
#[1] TRUE
#base line
to.odb = data.frame(trait_id = odbtraits$id[m], value=value, date = '2014-01-13', stringsAsFactors=F)
#this links to a voucher
to.odb$object_type = "Voucher"
#get voucher id from API (must be ID).
#search for a collection number
odbspecs = odb_get_vouchers(params=list(number="3456-A"),odb_cfg=cfg)
to.odb$object_id = odbspecs$id[1]
#get dataset id
odbdatasets = odb_get_datasets(params=list(name='Dataset test'),odb_cfg=cfg)
to.odb$dataset = odbdatasets$id
#person that measured
odbperson = odb_get_persons(params=list(search='adolpho ducke'),odb_cfg=cfg)
to.odb$person = odbperson$id
#import
odb_import_measurements(to.odb,odb_cfg=cfg)
Texto e notas
Basta adicionar o texto ao campo value e proceder como para os outros tipos de variável.
Última modificação March 9, 2024: Changed examples odb url (d5f6a91)