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Visão geral

O que é o OpenDataBio?

OpenDataBio é uma plataforma-web de código aberto projetada para ajudar pesquisadores e organizações que estudam a biodiversidade em regiões tropicais a coletar, armazenar, relacionar e servir dados. Ele é projetado para acomodar muitos tipos de dados usados ​​em ciências biológicas e suas relações, particularmente para estudos de ecologia e biodiversidade e serve como um repositório de dados que permite a usuários baixar ou solicitar dados de pesquisa bem organizados e documentados.

Porque?

Estudos de biodiversidade freqüentemente requerem a integração de uma grande quantidade de dados, exigindo padronização para uso e compartilhamento. Pesquisadores também precisam gerenciar e manter os seus dados de forma contínua e para além de depositá-los de forma estática em repositórios públicos ou data papers.

O OpenDataBio foi desenhado com base na necessidade de organizar e integrar dados históricos e atuais coletados na região amazônica, levando em consideração as práticas de campo e os tipos de dados utilizados por ecologistas e taxonomistas.

O OpenDataBio visa facilitar a padronização e normalização dos dados, utilizando diferentes serviços disponíveis online, dando flexibilidade aos usuários e grupos de usuários, e criando os links necessários entre Localidades, Táxons, Indivíduos, Vouchers e as Medições e os Arquivos de Mídia associados a eles, ao mesmo tempo em que oferece acessibilidade aos dados por meio de um serviço de API próprio, facilitando a distribuição e análise dos dados.

Características relevantes

  1. Variáveis ​​personalizadas - flexibilidade para o usuário definir variáveis incluindo alguns casos especiais como variáveis Espectrais, Cores, Links e GeneBank. Essa variávies são compartilhadas entre usários e requerem definições extadas como metadados. Medições para tais características podem ser registradas para Indivíduos, Vouchers, Taxons ou Localidades.
  2. Taxons podem ser nomes publicados ou não publicados (por exemplo, um morfotipo), sinônimos ou nomes válidos e qualquer nó da árvore da vida pode ser armazenado. A inserção de táxons é verificada em diferentes bases nomenclaturais (Tropicos, IPNI, MycoBank, ZOOBANK, GBIF), minimizando sua busca por erros ortográficos, autores, e validação de sinônimos
  3. Localidades são armazenados com suas geometrias espaciais, permitindo consultas espaciais. Localidades como Parcelas e Transectos podem ser definidos, facilitando a organização de dados de métodos comumente usados ​​em estudos de biodiversidade
  4. Controle de acesso aos dados - os dados são organizados em Conjuntos de dados que permite definir uma política de acesso (público, não público) e uma licença para distribuição de conjuntos de dados públicos, tornando-se uma publicação de dados dinâmicos, cuja versão é a data da última edição.
  5. Diferentes grupos de pesquisa podem usar uma única instalação OpenDataBio, tendo total controle sobre a edição e acesso de seus dados de pesquisa particulares, enquanto compartilham bibliotecas comuns como Taxonomia, Localidades, Referências bibliográficas e Váriáveis.
  6. API para acessar dados programaticamente - Ferramentas para exportação e importação de dados são fornecidas por meio de serviços de API junto com um cliente API na linguagem R, o pacote OpenDataBio-R.
  7. Auditoria - o modelo de atividade audita alterações em qualquer registro e downloads de conjuntos de dados completos, que são registrados para rastreamento.
  8. O modelo BioColeção permite que uma Coleções Biológica gerencie seus registros de Vouchers e solicitações realizados por usuários, facilitando a interação com os usuários que fornecem amostras e dados;
  9. Um coletor de dados móveis está planejado com ODK ou ODK-X

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